Na zijn opleiding in Old Sarum, vlakbij Salisbury, aan de School of Army Cooperation, ging hij naar de 6 Operational Training Unit in Sutton Bridge om te worden opgeleid tot jachtvlieger op de Hawker Hurricane. Begin oktober vertrok hij met de 615 naar Notholt, aan de rand van West-Londen.

Op 11 oktober vloog René Mouchotte zijn eerste operationele vlucht en zag de Franse kust. Op 15 december 1940 keerde de 615 terug naar zijn basis in Kenley, ten zuiden van Londen. Op 4 maart kreeg René Mouchotte tijdelijk het bevel over een Flight. Op 26 augustus schoot hij een Junkers 88 neer.

Op 10 november 1941 voegde René Mouchotte zich bij RAF Turnhouse waar de eerste Fighter Group 2 "Ile de France" (340 squadron) werd gevormd. Toen luitenant Philippe de Scitivaux in februari 1942 het bevel over de groep overnam, verving René Mouchotte hem aan het hoofd van het 1e "Paris" squadron. Hij werd op 15 maart 1942 tot kapitein benoemd. Generaal de Gaulle verleende hem op 14 juli 1942 het Bevrijdingskruis en op 1 september het Distinguished Flying Cross.

Hij kreeg het commando over 65 squadron. Daarna kreeg hij het bevel over Fighter Group No. 1 "Alsace" die, na een tour in het Midden-Oosten, naar Groot-Brittannië werd overgeplaatst als een RAF 341 squadron. Op 17 maart 1943 werd de 341 geschikt geacht voor dienst bij 11 Group, waar de vijandelijke activiteit hoog was, en verhuisde naar de basis Biggin Hill.

Op 15 mei 1943 steeg de Biggin Hill wing, met een record van 998 luchtoverwinningen, op voor een beschermingsmissie.

"L'Alsace" vloog met het 611 squadron onder commando van squadronleider Charles. De wing werd boven Pas-de-Calais aangevallen door een grote formatie Fw 190s. Charles schoot er één neer wat de score van de wing op 999 bracht en toen scoorde Mouchotte, door een Fw 190 neer te schieten, de 1000ste overwinning. Het testament van Major René Mouchotte is als volgt: "Als het lot me slechts een korte carrière als commandant gunt, zal ik de hemel danken dat ik mijn leven heb kunnen geven voor de bevrijding van Frankrijk. Moge er tegen mijn Moeder gezegd worden dat ik altijd gelukkig en dankbaar ben geweest dat ik de kans heb gekregen om God, mijn Land en degenen die ik liefheb te dienen en dat ik, wat er ook gebeurt, altijd dicht bij Haar zal zijn".

De laatste regels van zijn logboek luiden: "De vluchten gaan in een geweldig tempo door. Ik zit nu op een record van 140. Mijn vermoeidheid is genadeloos en ik voel mijn zenuwen slijten. Ik heb dringend rust nodig. Ik heb al meer dan twee jaar geen acht dagen verlof gehad. Ik ben altijd in de weer. Ik ben uitgeput, maar morgen ... ga ik weer. 26 augustus".

Hij keerde niet terug, neergeschoten boven België. Zijn lichaam spoelde aan op het strand van Middelkerke. Hij had in totaal 1.748 uur gevlogen, waarvan 408 in 382 oorlogsmissies.

Bron: Fondation de la France Libre